Na ternie Obwodu Kaliningradzkiego panuje te sam system władzy, jaki sprawowany jest w całej Federacji Rosyjskiej. Głównym dokumentem prawnym jest Konstytucja państwowa.
Głównym organem lokalnych władz jest Kaliningradzka Duma Obwodowa. Liczy ona 40 posłów. 10 z nich wybiera się w jednomandatowych okręgach. Glosowanie na następną 10 posłów przebiega w okręgach wielomandatowych. Pozostałą 20 członków wybiera się jednego głównego okręgu.
Ostatnie wybory do Dumy miały miejsce 12 marca 2006 r. największym poparciem wśród społeczeństwa cieszy się partia Jedna Rosja, która ma w Dumie 9 posłów. 4-osobową reprezentacje posiada Komunistyczna Partia Federacji Rosyjskiej. Pracę Dumy koordynuje 8 stałe działających komisji.
Władza wykonawcza skupiona jest w rękach gubernator, który sprawuje władze wspólnie z lokalnym rządem. Obecnie (od 28 września 2005 r.) tę funkcje pełni Gieorgij Walentinowicz Boos.
Obszar kaliningradzki odznacza się bardzo wysokim stopniem zmilitaryzowania, jednym z największych na terenie Rosji. Enklawa posiada znaczną ilość obiektów militarnych. Zlokalizowane są tu liczne bazy wojskowe, będące swoistym zapleczem Floty Bałtyckiej.