Transport kolejowy służy głównie do przewożenie towarów pomiędzy obwodem a sąsiednimi krajami oraz całą Federacją Rosyjską. Kolej zajmuje się również przewozami pasażerskimi, lokalnymi oraz zagranicznych. Zorganizowane są połączenia z Kaliningradu m.in. do Moskwy i Sankt Petersburga oraz Gdyni i Berlina.
Obwód Kaliningradzki posiada także morskie porty towarowe: Kaliningrad, Pioniersk i Bałtijsk. Utworzona także połączenie pasażerskie z Gdańskiem. Natomiast porty rzeczne zlokalizowane są w Kaliningradzie, Czerniachowsku i Sowiecku. Promy kursują jedynie po Pregole i Niemnie. Ze względu na niewielką ilość transportowanych towarów, żegluga śródlądowa prowadzona jest jedynie na terytorium obwodu.
Dużą ilość połączeń wodnych sprzyja rozwojowi turystyki w regionie. Latem wczasowicze mogą popływać po Zalewie Wiślanym. Kusy wodolotów odbywają się między Kaliningradem, Fromborkiem i Elblągiem.
Jedyny port lotniczy, obsługujący loty międzynarodowe mieści się w małej osadzie Chrabrowo, niedaleko Kaliningradu.